如果用靶向治疗药物来治疗早期的恶性肿瘤，是有一定的疗程的，对于HER2基因阳性的乳腺癌病人，采用抗HER2的药物治疗，手术之后的病人，需要治疗持续一年的时间。
对于大多数的晚期的恶性肿瘤，采用靶向治疗并没有明确的疗程，对EGFR基因突变阳性的非小细胞肺腺癌的病人，采用吉非替尼、厄洛替尼、阿法替尼、奥西替尼等靶向药物治疗，要求一直用到疾病进展，或者病人出现不可耐受的毒性。