房间隔缺损封堵手术的后遗症有：一、心律失常，封堵手术后可能会并发心律失常，各种类型的都有可能，比如心房颤动、频发房性早搏、频发室性早搏、窦性心动过缓、窦性心动过速等，但是瘢痕依赖的房速和房扑相对是最常见的。二、封堵手术还有可能有的后遗症是活动力下降，因为封堵前左房和右房的压力能够互相释放，一旦封堵完毕，左右心房不再相通，压力的变化会发生改变。对于已经出现肺动脉压力升高的情况，会使得短期内压力继续升高，患者会出现活动耐量减低，轻微活动即可出现胸闷、气喘。