目前主要的胶囊内镜分为小肠胶囊、胃胶囊、结肠胶囊等，它们的方法稍微有些差异。以小肠胶囊为例，做小肠胶囊前要做好肠道准备，方法和做结肠镜类似，然后穿戴好记录仪，主要是背心或腰带形式，连接好工作站，这时把胶囊内镜带水吞服下去，然后主要过程就完成了。检查完毕后医生会将数据导入电脑工作站，读取数据并形成报告。