大便时伴有肚子痛主要见于腹泻以及细菌性肠炎，二者的腹痛时间以及缓解的方式上有所不同。
首先，腹泻主要是由于病毒感染、消化不良以及肠道菌群失调引起。肠道内的主要病理表现为大量的炎性细胞浸润，导致大便次数增多、大便量大，大便时出现腹痛，大便后腹痛缓解或者消失，其是腹泻的主要特点。
其次，细菌性肠炎主要是由于大肠埃希菌、痢疾杆菌等病原体感染后，由于细菌进入肠道后释放出大量的毒素。该毒素可引起肠道黏膜的炎症以及充血、水肿等，引起大便次数增多且大便为黏液便或者黏液脓血便、量小、里急后重感明显、持续腹痛、大便后腹痛症状不能缓解，其是细菌性肠炎的主要特点。