男性尿道炎常常口服广谱抗生素，如头孢克洛、头孢地尼的效果较好。如果尿道炎为支原体感染，常常需要口服大环内酯类抗生素，如罗红霉素、红霉素肠溶片等。如果病人合并解脲支原体感染，需要口服强力霉素、美满霉素等治疗。
如果病人为淋菌性尿道炎，最好肌注抗生素，可肌注第三代头孢菌素或者口服可乐必妥、磷霉素等治疗。磷霉素对葡萄球菌没有效果，但对大多数粪肠球菌、屎肠球菌、大肠杆菌都有较好的疗效。