晨起时手指肿胀可以有以下几种原因：
第一、颈椎病，如果为单侧的手指肿胀，常是由于颈椎病时压迫了神经根，导致植物神经功能紊乱，而出现晨起时手指的肿胀，这时要早期查体，早期检查颈椎的X线片、CT、核磁共振来诊断和治疗。
第二、风湿和类风湿性的疾病，如果为双侧对称性的发病，多个手指的肿胀常是由于类风湿、风湿而导致，严重者会有手指畸形以及手指活动受限，这时要早期化验血，早期查手的X线片来诊断和治疗。
第三、强直性脊柱炎，一部分强直性脊柱炎的病人较严重时可以有晨起时手指的肿胀，可以伴有骶髂关节的疼痛，有晨僵的症状，这时要早期化验血以及检查腰椎、骶髂关节的X线片来诊断。