超声内镜的价格不能一概而论，根据城市级别和医院规模的不同，具体是有所差异的。做超声内镜检查时在省会城市和三级甲等医院相对要贵，在468.5-572.3元所不等。在二线城市和二级甲等医院和三级乙等医院中，超声内镜的检查相对要便宜，在327-415元所不等。
另外，在三线城市和三级丙等医院中超声内镜的检查相对最便宜，在218.5-275.6元所不等，但是超声内镜的价格根据做超声内镜检查的具体部位，而略微有所不同，例如超声内镜所检查的胃镜、肠镜和腹腔镜，价格都分别略微不同。