药物流产失败的原因有很多，包括药物不敏感、胎儿较大、子宫位置欠佳其他原因等，具体如下：
1、药物不敏感：大部分由于女性对药物流产的药物米非司酮和米索前列醇不敏感导致，所以用药流之后，特别是吃第三天米索前列醇之后，子宫收缩不明显，导致孕囊不能完整地排出来，或者是后续蜕膜不能完整排出来，导致药物流产失败。
2、胎儿较大：如果胎儿比较大，大于49天或者是胎儿的双顶径比较大、孕囊比较大，这些都有可能会影响药流的成功率。
3、子宫位置欠佳：如果女性的子宫前倾或者是后倾比较明显，或者是子宫的位置很不好，也可能会影响子宫收缩，影响孕囊及蜕膜的排出。
4、其他原因：如果药流的过程中，女性的子宫收缩比较差，也容易导致药物流产的失败，还有如果女性以前做过多次人流，或者是刮宫导致宫腔的瘢痕、宫腔凹凸不平等，也很容易导致药流失败。