复合乳酸菌胶囊一般建议饭后服用，复合乳酸菌胶囊是由乳酸杆菌、嗜酸乳杆菌、乳酸链球菌等组成的活菌制剂。
临床上复合乳酸菌胶囊主要治疗由于肠道菌群失调而引起的胃肠功能紊乱以及腹泻等，复合乳酸菌胶囊是活菌制剂，空腹时胃内的胃酸浓度过高，可以将复合乳酸菌胶囊中的活菌杀灭而影响药物的疗效。
因此一般推荐在饭后半个小时服用复合乳酸菌胶囊。服用复合乳酸菌胶囊时也不要使用温度过高的水，如果水温超过40℃，也可能将复合乳酸菌胶囊的活菌杀灭降低疗效，同时服用抗菌药物时两者服用的时间间隔至少应该是两个小时。