胃肠穿孔手术有一定的风险，严重时甚至会引起病人的死亡。因为胃肠穿孔在临床上主要包括胃穿孔、肠穿孔，绝大多数的胃穿孔是溃疡穿孔，表现为多发性的腹痛，伴有急性弥漫性腹膜炎，胃溃疡穿孔经过及时的手术治疗，绝大多数手术风险不大，换句话说死亡率不高。
对于肠穿孔尤其是结肠穿孔，其中含有粪便，细菌含量非常高，一旦粪便进入游离腹腔会引起细菌性腹膜炎，导致中毒性休克，所以即使及时的手术治疗，也有可能会引起病人的死亡。
所以胃肠穿孔手术有一定的风险，严重时会导致病人死亡，但死亡根本原因不是手术，而是本身疾病的严重程度。