做肠镜会有一定的痛苦，时间是在10-30分钟左右。肠镜检查时应对患者进行药物导泻，过程中会引起腹泻，大多数人都是可以耐受的，检查时需要将结肠镜完全的推进到结肠之中，会对肠道系统造成刺激，在到了肠道拐弯部位时会出现阻碍，因此造成的痛苦比较大，肠镜检查的时间与个人的肠道情况有直接关系。
部分人的肠道系统比较健康，进行肠镜检查时会比较顺利，时间会比较短，部分人肠道系统中会伴有不明肿物，应当对肿物提取活体组织进行病理检查，时间会相应的延长。