肝脓肿是由于病原微生物通过各种途径迁移到肝脏引起，常见的病原体有大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、阿米巴原虫、真菌等，常见的疾病有很多可以引起肝脓肿，最常见的是胆道疾病，可以导致细菌性的肝脓肿，是比较常见的病因，比如胆道结石、胆道肿瘤、胆道蛔虫等，都可以继发细菌感染，致病菌可以通过胆管进入肝脏，导致细菌性的肝脓肿。
腹腔内的感染，比如很常见的急性阑尾炎的致病菌，可以通过门静脉的途径进入肝脏，引起肝脓肿，身体其他部位的感染，可随血液或者是淋巴液途径进入肝脏，也可以引起肝脓肿。