扁桃体有洞在临床上称扁桃体隐窝，一般是慢性扁桃体炎引起。慢性扁桃体炎时，扁桃体隐窝内常有食物残渣以及细菌等。当人体抵抗力下降时细菌会发作，导致扁桃体炎的发生，可表现为咽部剧烈疼痛、发热等。
检查时可见扁桃体肿大，扁桃体表面凹凸不平，挤压扁桃体可有干酪样分泌物。早期可无不适症状，通过多漱口，用压舌板挤压扁桃体，将扁桃体隐窝内分泌物挤出。如出现反复炎症，可通过手术方式将扁桃体切除，目前多采用等离子扁桃体切除术。