女性怀孕要查甲功的目的，主要是担心怀孕的过程中，甲状腺功能出现减退，在这个时候胎儿的甲状腺激素供应不足，就容易影响到胎儿早期神经系统以及骨骼系统的发育，因为胎儿在早期，并没有甲状腺可以形成，不可以自行合成甲状腺激素，所以在这个时候完全依赖于妈妈的甲状腺激素控制。在早孕阶段，如果出现甲状腺激素的合成不足，孕妈妈就无法保证胎儿正常的甲状腺激素供应，所以一旦发现怀孕或者是在备孕的期间，就应该检测甲状腺的功能。
目前，在优生优育的筛查里面，会常规安排甲状腺功能的筛查，女性如果出现甲状腺功能异常，建议前往内分泌科进行专科的药物调整，通常使用左甲状腺素钠。有些女性在孕期还会出现甲状腺功能亢进症，这也是在怀孕期间检查甲功的一个目的。