由于跖疣是由人乳头瘤病毒感染而引起的疾病，所以在药物的应用方面，尽可能地针对人乳头瘤病毒而选择。常见的药物有以下几个：第一、维甲酸软膏。第二、疣必治。第三、阿昔洛韦软膏。这些药物都可以应用，效果比较良好。但是如果药膏的应用效果不良的，建议还是选择物理治疗，比如冷氮的应用或者是微波的治疗。