枕大池蛛网膜囊肿的原因目前并不十分清楚。根据有关的材料，一般是蛛网膜包裹囊液所形成的病变，约占颅内病变的9%左右，绝大多数为脑外囊肿，鲜有脑实质内发生者。发生原因分为原发性蛛网膜囊肿和继发性蛛网膜囊肿，原发性蛛网膜当中及先天性蛛网膜发育异常，再形成脑沟裂，出现了脑膜异常的卷曲，包裹形成囊肿；继发性蛛网膜囊肿即感染，出血导致的粘连和外伤导致蛛网膜破裂形成的活瓣。以上两种是枕大池蛛网膜囊肿的形成原因。