全飞秒手术有一定后遗症，当然比较少见，最常见的后遗症是干眼，以及眩光、欠矫、过矫、术后视力的回退、圆锥角膜，这些都有可能发生。全飞秒手术是比较严谨的手术，也是比较安全的手术，主要体现在在全飞秒手术之前要做全面的眼球体检，包括有没有眼表的炎症、干眼，以及角膜的厚度、视网膜的情况，需要通过综合分析。
如果适合做全飞秒激光手术，出现术后的后遗症或并发症的概率就比较少。如果术前检查有部分的不合格项目，做了全飞秒激光手术，可能就会出现上述几种后遗症或者并发症。