房间隔缺损的病因是由多个基因与环境因素相互作用形成的，基因指父母的遗传基因，环境因素包括宫内感染、放射线接触、代谢紊乱性疾病、缺氧和药物等。
感染指妊娠前三个月患有病毒感染或者细菌感染，尤其是风疹病毒，然后是柯萨奇病毒，出生的胎儿患先天性心脏病、房间隔缺损的发病率就会比较高。
其他包括胎儿受压、先兆早产、母体营养不良，母体患有糖尿病、高钙血症，受到放射线的损伤和细胞毒性药物的损伤。如果母体年纪过大或者之前有胎儿发生过先天性心脏病，胎儿本次也有可能出现先天性心脏病、房间隔缺损。
不仅如此，高原地区发生先天性心脏病、房间隔缺损的概率要比平原更高。