发现药物流产不干净也就是药流不全，会引起盆腔感染、大出血、二次刮宫等后果，较为严重的可能会引起以后怀孕困难。药物流产有禁忌症，不是所有的怀孕都可以用，而且受时间限制。
流产前必须到医院检查各项指标是否符合，孕囊较大、凝血异常者也不可以服用。服用药物后不是万事大吉，需要密切观察，出血多时及时到医院检查，必要时做刮宫手术。流产看见孕囊排出后也需要在7-10天到医院复查超声检查，如果发现残留物较多应随时根据情况采取药物辅助排出或刮宫术。持续时间较长的药物流产需要口服消炎药来预防感染，以免引起不良后果。