做灌肠会导致肠道黏膜受损、局部感染、肠易激综合征等症状的出现，灌肠是通过肛门给药治疗肠道疾病的一种方法，这种治疗方法可以让药物直达病灶，不仅药物的成分吸收程度比较好，同时还可以避免对胃、肝、肾等脏器造成影响。
偶尔进行一次灌肠，一般是不会引起副作用，但是如果反复进行灌肠，就有一定的可能性会导致肠道黏膜受损，肠黏膜上会存在有充血、水肿现象，而且反复灌肠还会导致肠道的刺激反应相对的减弱，自主蠕动功能也会减退，不利于便秘的康复。
部分人会因为反复灌肠而导致局部出现感染，甚至在灌肠时力度过大的情况下，还会导致肠穿孔的发作。本身存在有肠易激综合征的患者，甚至会因为动作太猛而导致肠易激综合征的发作。