衣原体感染的症状，根据不同的部位而表现的症状不一样。比如肺炎衣原体，引起上下呼吸道感染和肺炎衣原体感染的肺炎，与其他肺炎相比的症状和体征上没有太大的差异。潜伏期是10-65天，开始的时候上呼吸道症状，如咽痛、声哑、流涕以及咽痛为常见。1-2周后出现肺炎衣原体，最常见的症状有发热、咳嗽等。还有沙眼衣原体感染的症状，主要表现为眼部瘙痒以及结膜异物感，常可见有结膜的滤泡形成。泌尿生殖系统感染也是成人最常见的，表现为尿频、尿急、排尿困难、尿道黏膜充血以及分泌增加等。