肛周脓肿和肛瘘是一个疾病的两个阶段，肛周脓肿切开引流术后或肛周脓肿自行破溃、脓液溢出后，形成慢性炎症病变，就是肛瘘。
肛瘘外口随着时间延长可能会愈合，但是内口和瘘管仍然存在，一旦细菌再次进入内口，感染由瘘管蔓延，不能由外口引流，可以引发出现肛周脓肿，这就是肛周脓肿伴肛瘘，急性期出现红肿、疼痛等症状。
本病的治疗没有太多选择，治愈的方法只有手术，而且越早越好，早期通过积极的手术治疗，绝大部分肛周脓肿可以获得治愈。
如果不能马上手术，也可以切开外口引流，同时药物抗感染，将急性期转为慢性期，待炎症消退后，仅为肛瘘时再手术治疗肛瘘。
肛瘘的手术方式有很多种，具体方式要根据患者具体病情和肛瘘的复杂程度决定。