5-氟尿嘧啶的不良反应就是有可能引起病人的胃肠道反应，比如出现恶心、呕吐、腹泻等。如果出现这些反应，一般需要进行镇吐、止泻治疗。还有的病人会引起骨髓抑制，也就是白细胞和血小板下降，根据下降的不同程度，有的需要升白细胞和升血小板治疗。还可能引起外周静脉硬化，所以如果输入5-氟尿嘧啶，一般建议中心静脉置管，比如锁骨下静脉置管或者PICC置管。如果5-氟尿嘧啶使用时间比较长，有的也会引起手足皮肤反应，也就是手脚会有麻木、刺痛的感觉，可以口服维生素B6，减轻手足皮肤的反应。