氨基甲酰磷酸合成酶2主要存在于细胞液之中，其底物是谷氨酰和二氧化碳，主要的合成产物是嘧啶核苷酸，一般主要和氨基甲酰磷酸合成酶1的区别。氨基甲酰磷酸合成酶1是用来合成尿素，鸟氨酸用来循环的关键酶，氨基甲酰磷酸合成酶2是合成尿嘧啶的关键酶。酶的催化作用影响肝脏解毒功能，尤其是氨基甲酰磷酸合成酶2的异常会影响肝脏解毒功能，致使身体内的神经系统发育滞后，以及引起肝脏的其他疾病。氨基甲酰磷酸合成酶是催化谷氨酰胺，与碳酸氢盐合成氨甲酰磷酸这一反应的ATP依赖性酶，氨基甲酰磷酸合成酶2主要在胞质溶胶酶之中，参与嘧啶类物质的代谢，另外谷氨酰是其氮类的供体。