头阵阵刺痛的原因最常见的是原发性头痛、神经性头痛引起的，但是也不能排除因为颅内器质性病变引起的，患者一定要就诊医院，做个头部CT或者是头部核磁的检查来排除。
大多数情况下，头阵阵刺痛是因为神经性头痛引起的，可能包括像三叉神经痛、枕大神经痛、颞神经痛，不管是哪种原因的神经痛，头痛的部位是不同的。一般的三叉神经痛那头痛的部位在三叉神经受损的那一侧，位于眼眶或者是上颌部，颞神经痛一般的就是在颜面部还有耳部，而枕大神经痛就是多是在后脑勺处，常常是因为受凉、受风吹、感冒等刺激引发的。
无论是哪种原因引起的头痛，都可以对症给予止疼药物缓解头痛，也可以通过中医针灸的方式来改善。