新生儿呼吸窘迫综合征的后遗症主要是由于呼吸窘迫时发生低氧血症，导致各系统损伤。常见的主要有神经系统，如在新生儿后期可以表现为智力低下，严重的时候可能会发生脑瘫，和新生儿呼吸窘迫综合征原发病有关系，如在超早产的早产儿中，本身就容易发生神经系统的后遗症，低氧引起其他各大脏器的损伤，如肾功能衰竭、心肌损伤等等。
总之，新生儿呼吸窘迫综合征早期发现、早期治疗预后都比较好。在个别早产儿中，如果低氧血症持续时间比较长，就可能造成以上相应后遗症，有时候还可以发生慢性肺病、氧依赖等等。