婴儿做脑CT的危害，主要是指脑CT对人体的辐射作用，脑CT利用的是放射线对脑部进行断层扫描，所以对人体是有一定的辐射作用，但是并不像患者想象的那么大，一次的脑CT辐射量是比较小的，远远低于国家规定的安全范围，而且脑CT对脑部的出血性疾病，以及脑部的外伤有独特的诊断价值。
如果可以，医生会选择给患儿做核磁共振检查，但是对于有些疾病两者是不能够替代的，具体做哪一种，医生会根据患者的病情来权衡利弊，综合考虑，所以家属只需要遵照医嘱执行就可以，不必过于担心辐射作用。