慢性肠炎的病因较多，最常见的为细菌感染、病毒感染、真菌感染、寄生虫、自身免疫病等，其中细菌和病毒感染病因为自身免疫力降低，免疫力降低可出现正常菌群失调。肠道菌群失调后可诱发反复感染导致慢性肠炎，提高免疫力后多可以自愈，提高免疫力可采取补充益生菌，有氧锻炼等。真菌、寄生虫和自身免疫原因导致的慢性肠炎，应采取药物治疗。