扁平疣容易复发，要达到根治目的，建议口服转移因子或胸腺肽肠溶胶囊等。扁平疣属于病毒感染，具有一定传染性，如果患者抵抗力较差，或者是贴身物品消毒措施不到位，容易反复发作。所以，可以口服上述药物提高抵抗力，对预防复发有一定效果。
当然除了口服药外，扁平疣的外用治疗同样重要，最常用的，比如晚间涂一次维甲酸软膏，白天涂两次干扰素凝胶，或者是用CO2激光、液氮冷冻的方法物理去除疣体。
同时生活上注意消毒，煮沸暴晒贴身衣物，注意保证休息，不饮酒，对减少复发，早日根治，都有较多积极的意义。