肛瘘术后肉芽组织修剪疼痛不明显，这种修剪主要针对患者伤口深、肉芽组织生长快、外口没有完全愈合情况下，肉芽长出皮肤，需将高于皮肤肉芽修剪处理。
因肉芽组织生长快、血运丰富，多伴有炎性水肿，部分肉芽里面感觉神经没有完全生长，肉芽组织对疼痛敏感较差，所以修剪时疼痛不明显，患者多可以忍受。如果反复进行修剪，由于肉芽组织不断生长的神经修复逐渐完善，会伴有疼痛症状，需使用局部麻醉剂再修剪，这时患者疼痛会减轻很多。