肝内胆管结石属于胆结石的，结石原发于肝内胆管，诱因主要是由于胆道的感染、胆汁淤积，以及既往蛔虫的病史相关，属于良性的疾病，在积极治疗的情况下不影响生存时间。
肝内胆管癌是原发于肝内胆管所生长出来的恶性肿瘤，属于恶性疾病，即使积极的治疗情况下，也会影响生存时间。
主要的诱因常见于长期的肝内胆管结石，以及原发性的、硬化性胆管炎，两者的区别是良性疾病与恶性疾病的区别。
肝内胆管癌的诱因也可能是肝内胆管结石长期的感染、炎症、损伤而导致出现的，所以两者之间有是有一定的联系的。