八正胶囊属于中成药，上市后的不良反应报告显示，此药在医生指导下辨证的合理使用比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少。偶见患者出现食欲不振、恶心、呕吐、腹泻等胃肠道反应，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失，如果情况严重请去医院就诊。
出现胃肠道不良反应的患者，以及平时脾胃功能较弱的患者，可以饭后服药，以降低胃肠道不良反应的发生率。有极少数患者会出现皮疹、瘙痒等不良反应，对此药过敏者禁用。擅自更改服药的剂量和疗程会增加不良反应发生的风险，给身体造成伤害。此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用。