肾区隐痛原因很多，常见疾病为泌尿系统疾病。单侧肾区隐痛并且有叩击痛，伴有排尿不适或血尿等。
考虑为泌尿系统结石、肾积水、肾结核、肾盂肾炎、肾脏肿瘤等。双侧肾区隐痛伴有血尿、水肿等，考虑为肾小球肾炎等。
运动系统疾病如腰椎间盘突出、腰椎肥大、肌肉劳损、强直性脊柱炎等，妇科疾病如盆腔炎、子宫后倾等，其他腰部神经根炎或某些腹部疾病均可出现肾区隐痛。如果为持续性肾区隐痛，需要检查尿液、超声或CT等明确原因。