清除体内的乙型肝炎病毒，主要是通过抗病毒治疗来达到目标，抗病毒的药物目前主要是干扰素、恩替卡韦、替诺福韦等。机体内的乙型肝炎病毒载量可以通过HBV-DNA的检测来测定，病毒载量的高低与病人的预后有一定关系，高载量病毒是日后发展成肝硬化和肝癌的高风险因素。
只要有抗病毒治疗适应症时，应该尽早的应用抗病毒药物，而且应该定期检查肝功、乙型肝炎病毒载量、甲胎蛋白、肝脏彩超等，定期检查可以及时发现病情的变化，尤其是肝癌的早期发现。乙型肝炎抗病毒治疗需要长期服药，不能自行停药。