跑步时膝盖内侧疼痛可以是以下几种原因引起：
第一、内侧副韧带的扭伤，当内侧副韧带因为跑步而发生了损伤时，可以有跑步时膝盖内侧的疼痛，这时要早期查体，检查内侧副韧带的核磁共振来诊断和治疗。
第二、鹅足的损伤，当鹅足有损伤时也可以有膝盖内侧鹅足胫骨止点处的疼痛，特别是在膝关节外翻时疼痛非常明显，这时要检查膝关节的核磁共振以及早期查体来诊断和早期治疗。
第三、膝关节半月板的损伤，当膝关节内侧半月板有撕裂或损伤时，也可以有膝关节内侧间隙的疼痛，这时要早期查体，拍摄半月板的核磁共振来早期诊断和治疗。