肠炎如果想要确诊，最推荐的确诊方式就是肠镜检查，通过肠镜可以直视下观察肠道黏膜是否有充血、水肿，表面是否有糜烂、出血点。同时，如果有必要可以取病理活检，根据病理切片的具体细胞类型或者状态来评估是否患有肠炎，可以评估是什么类型的肠炎。
也可以通过血常规，化验白细胞增高以及中性粒细胞增高等，提示有细菌性的肠炎，结合症状腹痛、腹泻以及里急后重等来综合评估。也可以结合便常规便潜血阳性、白细胞增多，或者是粪便培养加药敏试验来进一步评估，并通过药敏试验，进一步指导下一步的治疗。