桥本甲状腺炎的病因尚未完全明确，一般认为与以下几个方面的因素有关：
第一、遗传，桥本甲状腺炎具有一定的遗传倾向，并且有自身免疫性疾病的家族聚集现象。
第二、自身免疫，认为桥本甲状腺炎的发病与自身免疫出现问题有直接关系，桥本甲状腺炎的特征是血中存在有大量甲状腺相关抗体，比如甲状腺过氧化物酶抗体、甲状腺球蛋白抗体以及甲状腺微粒体抗体等。
第三、感染，感染学说认为桥本甲状腺炎是因为病毒感染，造成了人体间接诱发了甲状腺细胞的特殊表达，从而引发了抗原的产生，这样造成了大量甲状腺细胞的破坏。目前认为桥本甲状腺的发生可能是病毒与其代谢产物甲状腺和自身免疫三者相互作用的结果，并非单一因素所决定。
第四、环境因素，诱发桥本甲状腺炎的环境因素很多，例如某些个煤类中的污染物，可以引起接触人群甲状腺自身抗体明显增高。还有就是化学毒物，长期接触这些物质可以造成甲状腺疾病的发生，特别是桥本甲状腺炎的发生。
第五、碘过量，越来越多的研究表明，过量碘可以刺激自身免疫过程，从而引起桥本甲状腺炎。
第六、非碘药物，某些药物可以造成桥本甲状腺炎，例如碳酸锂、锂制剂可以抑制甲状腺激素的分泌，这样长期的刺激，可以使甲状腺自身抗体出现阳性，从而诱发桥本甲状腺炎的发生。
