根据甲状腺结节的性质来决定甲状腺结节治疗的方法，如果是甲状腺恶性结节，绝大多数首选手术治疗。甲状腺未分化癌由于恶性程度极高，诊断的时候多有软处转移，因此经常综合治疗，包括手术、放射治疗、药物治疗。良性结节经过确诊以后大多数不需要外科手术，但是需要0.5-1年进行复查，必要的时候进行超声检查，甚至重复进行甲状腺细针穿刺。
对于可疑的甲状腺恶性结节或者诊断不明的结节，特别需要定期的随诊，必要的时候要重复进行甲状腺细针穿刺。对于热结节几乎都是良性结节。如果是自主功能高导致的，通常需要进行碘-131治疗，但有些妊娠、哺乳等有禁忌的需要手术治疗。