在临床上做腹腔镜手术的并发症主要是感染以及腹壁切口疝，因为腹腔镜手术穿刺孔比较小，尤其是取污染标本，比如在做急性化脓性阑尾炎手术时，如果化脓阑尾沾染到穿刺孔，容易造成细菌感染穿刺孔，从而继发细菌感染，严重时甚至会形成脓肿。
另外，由于穿刺孔比较小，通常缝合时不容易将腹膜层缝合，如果手术以后患者合并慢支、肺气肿或者便秘，导致腹内压增高，容易引起穿刺孔的腹膜裂开，严重时可以出现腹壁切口疝。一旦腹壁切口疝发生，通常需要再次手术治疗才能获得治愈，通常选择行腹腔镜疝补片修补手术治疗，一般使用带膜补片，防止补片与肠管粘连。