手足口病发烧，退烧药或物理降温两个方法都比较好，但是要根据体温的程度来决定选择哪个方法更好。体温若在38.5℃以上，首选的还是口服退烧药，降温比较迅速，效果也比较好。首选的是布洛芬，临床上常用的是安瑞克和美林，直接可以退烧。还有物理降温，若体温在38℃以下，使用物理降温比较好。因为没有退烧药的副作用，物理降温常采用温水浴的方法。把正常的水温调节到33-36℃之间，用一个毛巾擦拭，全身要避开疱疹的地方，全身大血管经过的地方也可以给他擦拭，这个效果都是可以选择的。
但是手足口病的治疗，还是强调一般的治疗，要注意消化道的隔离。吃一些清淡、有营养的饮食，要多饮水，注意隔离，不要继发细菌的感染，然后注意口腔和皮肤的清洁。局部痒的话可以涂炉甘石洗液，破了的话可以涂抹带有抗生素的油剂软膏。早期可以口服一些利巴韦林，其他的如果有感染用抗生素，没有感染就不用。重症的病例治疗是有相应的治疗措施，这个是比较重的，在医生的治疗下听医嘱执行就可以。