脊索瘤大部分是良性肿瘤，生长缓慢，病程比较长，所以没有早期和晚期的说法。但是因为脊索瘤处于的位置比较深，在颅底的深部，所以手术比较困难，一般很难完全治愈，随着肿瘤的生长可以出现症状逐渐加重。到了后期，出现的具体症状，跟肿瘤的部位和肿瘤的发展方向有关系。如果位于鞍部的脊索瘤，可以出现垂体功能低下，也可以引起性功能障碍，导致男性的阳痿，女性的闭经。此外可以压迫视神经，出现视神经萎缩，引起视力减退以及出现视野减小。而位于鞍旁的脊索瘤主要导致出现相应的神经受损，神经麻痹，影响到正常眼球活动。而在斜坡的脊索瘤可以压迫脑干，导致出现行走障碍。严重的可以导致脑干功能衰竭，形成脑疝，最终死亡。