长期熬夜会导致女性月经不调，正常月经受下丘脑-垂体-卵巢轴调节，从而引起子宫内膜周期性剥脱、出血，而使月经来潮。正常的月经周期、持续时间和月经量，呈明显自律性、自限性、规律性。当机体受到外部因素，比如精神过度紧张、长期熬夜、情绪变化、营养不良，以及其他内分泌疾病的时候，可以通过中枢神经系统引起下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常，而出现月经不调。
对于年轻的女性来说，尤其是青春期的女孩，下丘脑-垂体-卵巢轴本身发育不健全，更容易受到外界因素的干扰，而出现月经不调，所以建议避免长期过度熬夜。这种月经不调经过物理检查或者辅助检查，没有发现明显的器质性病变，治疗以消除病因、消除诱因、调整月经周期、休息、增加营养为主。