念珠菌性龟头炎属于真菌感染，因此如果口服药，应该使用抗真菌的药物，例如氟康唑、酮康唑、伊曲康唑等等，按照说明书的剂量和疗程口服即可。由于念珠菌性龟头炎属于浅表皮肤感染，因此使用外用药物效果也非常好。局部可以外涂抗真菌药物软膏，比如达克宁、氟康唑软膏等等。同时，配合局部清洗，可以使用碘伏溶液、皮肤康洗液、聚维酮碘溶液、硼酸洗液、洗必泰洗液，这些都可以治疗龟头炎。
治疗期间要避免喝酒，忌食辛辣、刺激的食物。配偶或者性伴侣应该一并检查，如果有妇科霉菌性阴道炎以及念珠菌感染，应该及时一并治疗，以免夫妻双方反复交叉感染，造成治疗的困难。