卵圆孔的形成是在胚胎发育至6-7周的时候，心房间隔先后发生的两个隔，先出现的隔叫原发隔，后出现的隔叫继发隔，原发隔自心房中线长出来之后退变，与心内膜垫相互融合，在房室隔尾部会留一个小孔，这个小孔叫原发孔，在原发孔未闭合前，原发隔近端形成一个孔，称为继发孔，是胎儿时期的血流的正常的通道。同时在第一隔的右侧，由于心房壁上又长出镰状形的隔，称为继发隔，此隔在不断的生长中，离心房中途的时候就停止了，镰状形凹窝它就称为卵圆窝，卵圆窝处的原发隔和继发隔未能连到一起，而留下的小裂缝就叫做卵圆孔。新生儿的时候，随着第一声的啼哭，左心房的压力升高，就使左侧的原发隔部紧贴在右侧的继发隔上，发生功能性的闭合，一年之内达到解剖上的闭合，如果说年龄超过三岁了之后，这个卵圆孔仍不能关闭，我们就叫卵圆孔未闭。