虽然颅咽管瘤，是一种良性的颅内肿瘤，但是因为经常在手术当中无法全部切除，导致术中残留，因而引起手术后复发。复发的症状主要包括视力减退、视野缺损、大脑垂体功能低下、内分泌功能紊乱、颅内压力增高、头痛、恶心、呕吐、血压增高、呼吸心跳减慢，甚至有意识障碍。之所以会出现这些症状，是因为颅咽管瘤主要生长在鞍区，而鞍区周围有很多重要的神经结构，主要包括视神经、视交叉、大脑垂体和海绵窦。因为颅咽管瘤本身位置深，肿瘤有钙化，手术当中全切困难，因此经常在手术中损伤神经结构或者复发以后侵犯这些神经结构。