三联或者四联杀幽门螺杆菌的药物，疗程在7-14天。因为随着现在抗生素耐药率的提高，都给予患者吃最长的时间，即14天，14天的成功根除率在60%-70%。
各地根据抗生素耐药程度的不同，其根除成功率有差异，是否成功根除需要在停药1个月之后，复查碳13呼气试验来确定。
若没有成功根除，建议至少3个月以后，再进行二次根除，二次根除需要用与第一次不同的抗生素方案。若第二次仍未成功根除，需要进行第三次。
此时建议在胃镜下，取黏膜进行幽门螺杆菌的培养及药敏实验，根据药敏试验的结果选择敏感的抗生素。