脑膜炎的治疗是多方面的综合的治疗，在病因治疗的基础上还要结合对症治疗、支持治疗和预防并发症的治疗。在对因治疗方面，对于病毒性脑膜炎主要是用抗病毒的治疗，常用的药物有阿昔洛韦、更昔洛韦，在化脓性脑膜炎方面，主要是用抗生素治疗，在没有确定病原体之前，要用些能够透过血-脑屏障进入脑内的抗生素，比如头孢曲松或者头孢噻肟，然后可以根据病原学的结果来调整治疗。
对于结核性脑膜炎，主要是进行抗结核治疗，结合的原则是早期、联合、足量和全程，一定要彻底治疗，否则会引起颅内粘连，引起一系列的并发症。常用的药物有异烟肼利福平、吡嗪酰胺、链霉素、乙胺丁醇等，这些药物可以联合使用。治疗一开始要强化治疗以后，还要进行巩固治疗，所以结核的治疗一定要彻底。
隐球菌性脑膜炎，主要是抗真菌治疗常用的药物有两性霉素B、5-氟尿嘧啶、氟康唑等。除了这些治疗以外，还只要注意一些对症支持治疗，在急性期，如果体温太高，要给予物理降温或者是药物降温，营养方面要注意营养的支持，要低盐、低脂、高蛋白、高能量的饮食。对于昏迷者要给予鼻饲，必要的时候还要静脉高营养，要注意维持水电解质的平衡，还要注意护理，避免褥疮、下肢静脉血栓等并发症。对于其他的颅压增高，要给甘露醇降颅压治疗，有癫痫发作者，还要给抗癫痫治疗。如果病人出现的精神症状，还要给抗精神症状的药物镇静方面的药物治疗，到后期恢复期，还可以给康复理疗或者针灸、按摩等。