富马酸替诺福韦酯的最常见的就是轻中度的胃肠道反应，比如会出现恶心、腹泻、呕吐、胃肠胀气，偶尔可能会引起皮疹、瘙痒等过敏反应。富马酸替诺福韦酯对肾功能也有影响，会出现血肌酐的升高，引起低磷血症，影响钙的吸收，降低骨骼密度，引起骨质疏松，甚至导致骨折。
因此用药期间应该监测肾功能，使用期间罕见的不良反应有严重的乳酸中毒，或者伴有脂肪变性的重度肝肿大，出现严重的不良反应，需要立刻就医。富马酸替诺福韦酯属于处方药，必须在专科医生指导下合理使用，患者需要坚持定期随诊，方便医生根据实际情况，调整用药方案。