新生儿先天性心脏病种类繁多，可以大致分为左向右分流的先天性心脏病，以房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭为代表。还有一类是右向左分流先天性心脏病，以法洛氏四联症为代表。
当然还有肺动脉瓣狭窄、肺动脉闭锁也是右向左分流先天性心脏病。还有一类是没有分流的先天性心脏病，如主动脉弓缩窄。还有一部分是心内的先天性心脏病，如心肌炎、心肌病。还有各种各样的心律失常，如心动过速、预激综合征等等。