阴超与普通的腹部超声相比，只是探头放置的位置不同，阴超主要是将探头放置在患者的阴道内扫查，正常的情况下不会疼痛，但是有些患者比较紧张，可能会产生轻度的不适感。在检查之前，一般医生会要求患者采取膀胱截石位，用枕头垫高臀部，有利于在检查的过程中盆腔脏器的显示。医生会在探头上涂一定量的耦合剂，套上消毒的避孕套，把它放在探头的前端，将探头放在患者的阴道内开始扫查。扫查的过程中，如果患者盆腔内的脏器位置比较高，也有可能会用一只手加压患者的腹部。
经阴道超声可以更加清晰地显示子宫内膜，双侧卵巢的大小、形态，以及卵泡的具体情况，尤其是对子宫动脉的探测，要比腹部超声更加容易，也更加清晰。经阴式超声不需要患者憋尿就可以进行检查，所以对于不适合憋尿的患者，可以采取此种方式进行检查。